O Tribunal de Contas do Pará julgou irregulares as contas de Paulo Roberto Mergulhão, ex-gestor da Pró Saúde, e condenou o mesmo a devolução de R$ 461.216,20 (quatrocentos e sessenta e um mil, duzentos e dezesseis reais e vinte centavos).Atualizada e acrescida de juros até a data de seu efetivo recolhimento a partir de dezembro de 2010, a cifra chega a R$2.051.122,27(dois milhões, cinquenta e um mil, cento e vinte e dois reais e vinte e sete centavos.
Em 2019, O TCE Pará já havia confirmado mais uma decisão que penaliza o ex-gestor em devolver recursos concedidos no convênio envolvendo o Hospital Regional Público da Transamazônica (HRPT), localizado no município de Altamira. O contrato assinado entre Sespa e Pró-Saúde teve por objeto a operacionalização da gestão e execução pela organização social das atividades e serviços de saúde no HRPT. Foram repassados pelo estado do Pará, durante o exercício 2008, recursos financeiros no total de R$ 29.177.900,00, acrescidos ao valor provisionado de R$ 690.100,00.
Após análise das contas do exercício 2008, foram constatadas irregularidades que implicaram a devolução parcial da verba transferida e multas de R$ 1,5 mil pelo dano causado ao erário, R$ 650,00 pelas graves infrações à norma legal, R$ 650,00 pelo não atendimento as diligências desta Corte e R$ 650,00 pela instauração de tomada de contas. As penalidades foram mantidas ao então gestor da entidade, Paulo Roberto Mergulhão, após sucessivos recursos na tentativa de alterar a decisão inicial do TCE-PA.